En cuanto a su carrera política, Juan Santana Castillo ha sido diputado y se ha destacado como presidente de la Comisión de Trabajo de la Cámara de Diputados, posición desde la cual ha impulsado importantes debates, como la Reforma Previsional. Militante desde joven del PS, su trayectoria incluye un inicio exitoso como consejero regional en 2013 con la primera mayoría en Atacama y es reconocido por su cercanía con figuras clave como Camilo Escalona y Yasna Provoste. Su trabajo legislativo está concentrado en temas laborales y sociales, y no se registran controversias de naturaleza legal, administrativa o ética asociadas a su persona.