En cuanto a su carrera política, Eugenio Canales es una de las candidaturas inscritas por la Federación Regionalista Verde Social en la región de Aysén, sin antecedentes públicos de cargos políticos o legislativos previos conocidos. Su candidatura ha generado cierta controversia dentro de su propia coalición debido a su apoyo público a José Antonio Kast, situación que llevó a la Federación Regionalista Verde Social a solicitar formalmente al Servicio Electoral el retiro de su candidatura. No existen registros de otras controversias legales, administrativas o éticas relacionadas con su figura.