En su trayectoria política, Lee Flores ha competido en múltiples elecciones. En 2013 fue candidato a diputado por el Distrito 1 obteniendo aproximadamente un 6% de los votos sin resultar electo. En 2017 se presentó como candidato a senador por la Región de Arica y Parinacota, obteniendo la primera mayoría pero sin alcanzar escaño por la aplicación del sistema electoral proporcional. En las elecciones de gobernadores regionales de 2021 fue candidato por la región, participando en ambas vueltas electorales sin resultar electo. Finalmente, en 2021 fue electo diputado por el Distrito 1 de Arica y Parinacota para el período 2022-2026, en representación de independiente en cupo del Partido Regionalista Independiente Demócrata. Durante su desempeño parlamentario ha integrado las comisiones permanentes de Futuro, Ciencias, Tecnología, Conocimiento e Innovación; Zonas Extremas y Antártica Chilena, que presidió; Defensa Nacional, que encabezó; y Deportes y Recreación. Ha promovido iniciativas relacionadas con proyectos de infraestructura regional, incluyendo el Plan Arica 100, así como la recuperación de instalaciones deportivas en la región.