En su trayectoria política, Jouannet fue gobernador de la provincia de Cautín en 2008 durante el primer gobierno de Bachelet, cargo al que renunció ese mismo año para postular al Congreso. En 2014 ingresó al segundo gobierno de Bachelet como asesor del Ministerio del Interior en materias indígenas, siendo designado intendente de la Región de La Araucanía el 25 de agosto de 2015, cargo que desempeñó hasta noviembre de 2016. Tras participar en elecciones parlamentarias en 2010 y 2017 sin resultar electo, fue electo diputado en 2021 como independiente con cupo del Partido Radical, representando el distrito 23 de La Araucanía para el período 2022-2026. En 2022 se incorporó al Movimiento Amarillos por Chile, asumiendo como presidente del partido el 30 de agosto de 2023. Sus áreas de especialización legislativa han estado vinculadas a asuntos indígenas y políticas sociales, conforme a su trayectoria en el ámbito público.